所术灭菌室远离过道的一侧设置有门，灭菌室和退炉室之间设置有物料输送口，灭菌室和物料输送口形成作业通道;灭菌室用于菌棒原料的混、 拌料、装袋和高压蒸汽灭菌，其内设置有高压蒸汽灭菌器，高压蒸汽灭菌器的出料,与物料输送,相对应并伸入退炉室;工作人员从灭菌室的门进入，进行混料、拌料、装袋作业，然后将装好袋的灭菌棒放入高压蒸汽灭菌器内灭菌，灭菌后的菌棒从高压蒸汽灭菌器内取出后通过物料口进入退炉室。
退炉室采用无空调全新风全排风方式排除蒸汽冷却菌棒∶ 预令率采用无空调全新风全排风方式令却菌棒∶ 强冷室采用空调初效，中效高效万级净化循环的式令却菌棒;
待接种室用于暂时存放灭菌且冷却的菌棒;接种室用于菌棒接种;产品室用于接种后菌棒的下料。
所述待接种室的一侧设置有辅助室，所述辅助室包括换鞋室、更衣室、消毒室和缓中室，所术换鞋室、更衣室、消毒室、缓冲室、待接种室和接种室之间形成第二作业通道;工作人员从外部进入换鞋室、更衣室，在换鞋室、更衣室内换上工作服后，进入消毒室进行消毒处理，然后经过缓冲室进入待接种室，将待接种室的菌棒转运到接种室开始接种工作。
所述缓冲室、待接种室、强冷室、预令室和退炉室之间形成第三作业通道;工作人员从缓冲室出来后通过待接种室、强冷室、预令室进入退炉室，将高压蒸汽灭菌器内的菌棒从物料输送口移进退炉室，然后将菌棒依次经过退炉室、预令室和强冷室冷却，冷却后暂时放置于待接种室。
所术产品室远离接种室的一侧设置有门，产品室内设置有菌棒接种机，菌棒接种机的接种端深入接种室，产品室、过道和培养室之间形成第四作业通道。接种好的菌棒经菌棒接种机的下料端进入产品室，然后将菌棒从产品室移出，经过过道送至培养室进行培养。

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